داستان انیمه درباره ایروها تاماکی، دختر جادویی که به دنبال خواهر گم شده اش در شهر اسرارآمیزی به نام کامیهاما میگرده.جایی که شایعه شده است دختران جادویی میتوانند به رستگاری برسند و...
Madoka Kanome دختری 14 ساله است او یک شب در خواب میبیند که یک دختر با موهای سیاه درحال مبارزه با یک هیولای ترسناک است. صبح همان روز زمانیکه Madoka به مدرسه رفت، دختری بنام Homura Akemi را میبیند که بتازگی به آن مدرسه منتقل شده است و بسیار شبیه به دختری است که او در خواب دیده بود. حتی عجیبتر آنکه بنظر میرسد Homura، Madoka را میشناسد و مدتی بعد در راهرو از او میپرسد که آیا او به دوستانش اهمیت میدهد یا نه. بعد از مدرسه زمانیکه Madoka با دوستش Sayaka Miki بیرون رفته بود، او صدایی را میشنود که از او کمک میخواهد. Madoka بدنبال آن صدا به اتاق عجیبی وارد میشود و در آنجا او با موجودی بنام Kyubey برخورد میکند که توسط Homura مورد حمله قرار میگیرد. هنگامیکه Homura پافشاری میکند که Madoka، Kyubey را به او بدهد، Sayaka به آنها کمک میکند که فرار کنند. سپس آنها در یک خیال عجیب گرفتار میشوند و موجوداتی بسیار عجیب به آنها نزدیک میشوند اما بعد آنها توسط دختری بنام Mami Tomoe نجات پیدا میکنند، او به یک دختر جادوگر تغییرشکل میدهد و با همه آن موجودات مبارزه میکنند و آن طلسم آن خیال را از بین میبرد. سپس او Kyubey را التیام میدهد و او به Sayaka و Madoka شانس تبدیل شدن به یک دختر جادوگر را میدهد...